公司因员工问题辞退员工时，存在以下特殊情况或例外情形，影响处理结果：
1. 员工处于医疗期、孕期等特殊保护期：若员工因患病处于医疗期，或处于孕期、产期、哺乳期，即使存在轻微违纪行为，公司一般不得辞退（除非员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的严重违纪等情形），否则构成违法解除。
2. 公司规章制度未依法制定或公示：若公司以员工违反规章制度为由辞退，但规章制度未通过民主程序制定或未向员工公示，该规章制度不能作为辞退依据，辞退行为可能被认定为违法。
3. 员工存在双重劳动关系但未影响工作：若员工同时与其他公司建立劳动关系，但未对完成本单位工作任务造成严重影响，且公司未提出异议或员工已改正，则公司以此为由辞退可能不合法。
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公司因员工问题辞退员工的合法性取决于是否符合法定条件。以下结合不同情形详细说明：
公司因员工问题辞退员工是否合法需根据具体情况判断，若符合法定情形则合法，否则可能违法。
1. 若员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等），公司辞退员工合法，无需支付经济补偿。
2. 若员工仅存在轻微违纪或工作失误，未达到“严重”程度，公司以此为由辞退员工可能违法，需承担违法解除劳动合同的责任。
3. 若公司以员工问题为由辞退，但未提供充分证据证明员工存在相关行为，辞退行为可能因证据不足被认定为违法。
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公司因员工问题辞退员工的合法性需以《劳动合同法》为依据，以下结合具体法条分析：
根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正版）第三十九条规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。若公司因员工问题辞退员工时，员工存在上述情形之一，且公司能提供充分证据（如员工签字确认的规章制度、违纪行为记录等），则辞退行为符合法律规定，合法有效；反之，若员工不存在上述情形，或公司无法证明员工存在相关行为，则辞退可能构成违法解除。
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公司因员工问题辞退员工可能涉及以下法律风险，需引起注意：
1. 违法解除劳动合同风险：若公司辞退员工不符合法定情形，需向员工支付赔偿金（标准为经济补偿的二倍）。例如，员工因一次迟到被公司辞退，而公司规章制度未明确迟到属于“严重违纪”，则公司可能被认定为违法解除，需支付赔偿金。
2. 证据不足败诉风险：公司若无法提供充分证据证明员工存在问题（如严重违纪），在劳动仲裁或诉讼中可能败诉，需承担不利后果。例如，公司以员工“严重失职”为由辞退，但未提供员工失职行为及造成重大损害的证据，仲裁机构可能支持员工的维权请求。

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